Nuestra institución nace el 5 julio de 1993, impartiendo educación Preescolar y posteriormente, a partir del 22 de agosto de 2005, inicia clases la generación fundadora del Primaria.

La Profa. Guadalupe Rojo Avilés, fundadora del instituto, eligió el nombre de Juan de Ugarte, con la intención principal de hacer un reconocimiento a este misionero jesuita nacido en Tegucigalpa, Honduras el 21 de julio de 1662.

Juan de Ugarte estuvo en la misión de San Javier en Loreto de 1701 hasta 1730, lugar donde falleció a la edad de 68 años.

Durante ese periodo recorrió la península en sus diversas expediciones y en muchas de las actividades que realizaba encauzó sus afanes a la educación, enseñando a los indios el cultivo de la tierra y la crianza de animales, entre otras actividades que beneficiarían su calidad de vida, y además, orientando muchos de sus esfuerzos en favor de los niños y las niñas de esa comunidad.

El Profesor Gilberto Ibarra Rivera lo reconoce como el primer maestro de la península en su libro "Historia de la Educación en Baja California Sur" describiendo su labor en uno de los párrafos de su libro de la siguiente manera:"Por sus insuperables acciones educativas, además de ser uno de los más completos misioneros jesuitas, el padre Juan de Ugarte debe ser reconocido como el primer maestro de la península de Baja California, y por la iniciación de su obra debe distinguirse a San Javier como la cuna de las escuelas de artes y oficios, único ejemplo de un tipo de enseñanza laica promovida por los misioneros jesuitas".